Le 23 novembre 1504, trois jours avant sa mort, le reine Isabelle d'Espagne signa, à Medina del Campo, un codicille devant le même notaire, Gaspar de Gricio, et cinq des sept témoins présents le 12 octobre pour la signature de son testament. Dans ce dernier, la reine évoque les aspects fondamentaux du gouvernement des monarques catholiques. Dans le codicille, outre réaffirmer ce qu'elle avait déjà stipulé dans le testament, elle aborde des questions concernant directement le gouvernement de la péninsule et fait part de son inquiétude quant à la politique espagnole en Amérique en posant les bases des Lois des Indes (législation décrétée par la Couronne gouvernant les possessions espagnoles en Amérique et aux Philippines). Dans la dernière clause du testament, la reine exprime le souhait que l'original du codicille et son testament soient envoyés au monastère de Notre-Dame de Guadalupe, en Estrémadure, au centre de l'Espagne, mais sa volonté ne fut pas respectée. Entre 1543 et 1545, le testament fut transmis au château de Simancas, qui devint peu de temps après le siège des archives royales d'Espagne. Le codicille, qui fut étonnamment détaché du testament, entra dans les collections de la bibliothèque royale et fut intégré à un recueil, duquel il fut séparé en 1881. Le codicille commence par une brève salutation à Dieu et une ratification du contenu du testament, suivis du corps du codicille, composé de 17 clauses, avec la signature de la reine et le restant de la plaque du sceau royal. Le document conclut avec la déclaration du notaire et les signatures et sceaux des cinq témoins. Écrit dans le style classique de la cour sur trois feuilles de parchemin et une feuille supplémentaire faisant office de page de garde, l'apparence du codicille est probablement semblable à celle du testament.